日本交通工具种类多元化，且准时又方便快捷，连接城市之间的有新干线，城市内有通勤火车、地下铁路、巴士、电车、计程车。而一张特别为海外游客而设的“全日本国铁通行证”（JR Pass），似乎是环游日本各区必须具备的。
日本铁路有国营铁道JR及地区性的私营铁道。JR列车又分为新干线、特急、急行、快速及普通列车。新干线是连接日本各大城市的高速铁路，速度最快，但价钱也最高。新干线以东京为中心点，往南到九州岛博多（福冈）之间，有东海道新干线及山阳新干线，北边则有东北新干线通往东北区域的门户，正计划将路线扩展到北海道的札幌。如果要到新干线无法到达的地方，就要再转乘特急、急行、快速及普通列车等地方线路。下面是JR列车的路线图：
